Awesome cheminformatics

Awesome Cheminformatics ¶

> 化学信息学（也称为化学信息学、化学信息学和化学信息学）是使用计算机和信息技术来解决化学领域的一系列问题. Wikipedia

很棒的化学信息学软件、资源和库的精选列表. 主要基于命令行，免费或开源. 请随时 contribute !

Applications¶

Visualization¶

• PyMOL - Python 增强的分子图形工具.
• Jmol - 基于浏览器的 HTML5 查看器和独立的 Java 查看器，用于 3D 化学结构.
• VMD - 分子可视化程序，用于使用 3-D 图形和内置脚本显示、动画和分析大型生物分子系统.
• Chimera - 用于交互式分子可视化和分析的高度可扩展程序. Source 可用.
• ChimeraX - 继 UCSF Chimera 之后的下一代分子可视化程序. 来源可用 here.
• DataWarrior - 一个数据可视化和分析程序，它将动态图形视图和交互式行过滤与化学智能相结合.

Command Line Tools¶

• Open Babel - 化学工具箱旨在使用多种化学数据语言.
• MayaChemTools - 支持日常计算发现需求的 Perl 和 Python 脚本、模块和类的集合.
• Packmol - 通过包装优化进行分子动力学模拟的初始配置.
• BCL::Commons

Docking¶

• AutoDock Vina - 分子对接和虚拟筛选.
• smina - 定制 AutoDock Vina 更好地支持评分功能开发和高性能能量最小化.

Virtual Machine¶

• myChEMBL - 使用开源软件（Ubuntu、PostgreSQL、RDKit）构建的 ChEMBL 版本
• 3D e-Chem Virtual Machine - 带有所有软件和样本数据的虚拟机，用于运行 3D-e-Chem Knime 工作流程

Libraries¶

General Purpose¶

• RDKit - 用 C++ 和 Python 编写的化学信息学和机器学习软件的集合.
• Indigo - Universal molecular toolkit that can be used for molecular fingerprinting, substructure search, and molecular visualization written in C++ package, with Java, C#, and Python wrappers.
• CDK (Chemistry Development Kit) - 用 Ja​​va 实现的结构化学和生物信息学算法.
• ChemmineR - 用于分析 R 中类药物小分子数据的化学信息学包.
• ChemPy - 一个对化学有用的Python包（主要是物理/无机/分析化学）
• MolecularGraph.jl - 在 Julia 中完全实现的基于图形的分子建模和化学信息学分析工具包
• datamol : - 分子操作变得简单. 在 RDKit 之上构建的轻型包装器.
• CGRtools - 用于处理分子、反应和反应简图的工具包. 可用于化学标准化、MCS 搜索、与 RDKit 和 NetworkX 向后兼容的互变异构体生成.

Format Checking¶

• ChEMBL_Structure_Pipeline (formerly standardiser) - 旨在提供一种简单的分子标准化方法的工具，作为例如分子建模练习的前奏.
• MolVS - 分子验证和标准化基于 RDKit.
• rd_filters - 使用 RDKit 和 ChEMBL 运行结构警报的脚本
• pdb-tools - 用于操作和编辑 PDB 文件的瑞士军刀.

Visualization¶

• Kekule.js - 前端 JavaScript 库，用于提供在网络浏览器上表示、绘制、编辑、比较和搜索分子结构的能力.
• 3Dmol.js - 面向对象、基于 webGL 的 JavaScript 库，用于在线分子可视化.
• JChemPaint - 基于化学二维结构编辑器应用程序/小程序 Chemistry Development Kit.
• rdeditor - 使用 PySide 的简单 RDKit 分子编辑器 GUI.
• nglviewer - Jupyter 笔记本的交互式分子图形.
• RDKit.js - 来自 RDKit 的化学信息学功能的官方 JavaScript 分发 - 一个用于化学信息学的 C++ 库.

Molecular Descriptors¶

• mordred - 基于分子描述符计算器 RDKit.
• DescriptaStorus - 用于机器学习的描述符计算（化学）和（可选）存储.
• mol2vec - 分子子结构的矢量表示.
• Align-it - 根据药效团排列分子.
• Rcpi - R/Bioconductor 包，用于生成蛋白质、化合物及其相互作用的各种描述符.

Machine Learning¶

• DeepChem - 基于 Tensorflow 的化学深度学习库
• ChemML - ChemML 是一个机器学习和信息学程序套件，用于化学和材料数据的分析、挖掘和建模. （基于张量流）
• olorenchemengine - 使用统一 API 进行分子特性预测，适用于各种模型和表示， 具有集成的不确定性量化、可解释性和超参数/架构调整.
• OpenChem - OpenChem 是一个深度学习工具包，用于具有 PyTorch 后端的计算化学.
• DGL-LifeSci - DGL-LifeSci 是一个 DGL基于图形神经网络的生命科学中各种应用程序包.
• chainer-chemistry - 生物学和化学深度学习图书馆.
• pytorch-geometric - PyTorch 库提供了许多图形卷积算法的实现.
• chemmodlab - 用于在 R 中拟合和评估机器学习模型的化学信息学建模实验室.
• Summit - 使用机器学习优化化学反应的 python 包（包含 10 种算法 + 几个基准）.

Web APIs¶

• webchem - 来自网络的化学信息.
• PubChemPy - PubChem PUG REST API 的 Python 包装器.
• ChemSpiPy - ChemSpider API 的 Python 包装器.
• CIRpy - Python包装器 NCI Chemical Identifier Resolver (CIR).
• Beaker - RDKit 和 OSRA 在里面 Bottle 在 Tornado.
• chemminetools - 基于 Django 的用于小分子分析的开源 Web 框架.
• ambit - 通过 REST 网络服务提供化学信息学功能.

Databases¶

• razi - SQLAlchemy 数据库的化学信息扩展.
• Chemical Translation Service - 的源代码 Chemical Translation Service 网络服务.

Docking¶

• Rosetta - 用于模拟大分子结构的综合软件套件. 很少用于蛋白质-蛋白质对接.

Molecular Dynamics¶

• Gromacs - 主要用于模拟蛋白质、脂质和核酸的分子动力学包.
• OpenMM - 用于分子模拟的高性能工具包，包括针对 Python、C、C++ 甚至 Fortran 的广泛语言绑定.
• NAMD - 专为大型生物分子系统的高性能模拟而设计的并行分子动力学代码.
• MDTraj - 分子动力学轨迹分析.
• cclib - 计算化学日志文件的解析器和算法.
• ProDy - 用于蛋白质动力学分析的 Python 包

Others¶

• eiR - 加速小分子的相似性搜索
• OPSIN - 用于系统 IUPAC 命名法的开放解析器
• Cookiecutter for Computational Molecular Sciences - 用于分子计算化学软件包的以 Python 为中心的 Cookiecutter MolSSL
• Auto-QChem - 用于生成和存储有机分子 DFT 计算的自动化工作流程.
• Gypsum-DL - 将 2D SMILES 字符串转换为 3D 模型的程序.
• RDchiral - RDKit 的 RunReactants 的包装器以改进立体化学处理
• confgen - 用于生成构象器的 Webapp

Journals¶

• Journal of Cheminformatics
• Journal of Chemical Information and Modeling (ACS Publications)

Resources¶

Courses¶

• Learncheminformatics.com - 印第安纳大学“化学信息学：化学数据世界导航”课程.
• Python for chemoinformatics
• TeachOpenCADD - 使用开源包和数据的计算机辅助药物设计 (CADD) 教学平台.
• Cheminformatics OLCC - Cheminformatics course of the Collaborative Intercollegiate Online Chemistry Course (OLCC) course of the University of Arkansas at Little Rock by Robert Belford 教授
• BigChem - 所有讲座 BigChem （Horizo​​n 2020 MSC ITN EID 项目，提供大型化学数据分析方面的创新教育.）
• Molecular modeling course - 博士 Jay Ponder，华盛顿大学圣路易斯教授.
• Simulation in Chemistry and Biochemistry - 博士 Jay Ponder，华盛顿大学圣路易斯教授.

Blogs¶

• Open Source Molecular Modeling - 开源分子建模软件的可更新目录.
• PubChem Blog - 有关的新闻、更新和教程 PubChem.
• The ChEMBL-og blog - 来自计算化学生物学组的故事和新闻 EMBL-EBI.
• ChEMBL blog - GitHub 上的 ChEMBL.
• SteinBlog - 的博客 Christoph Steinbeck，他是 EMBL-EBI 的化学信息学和新陈代谢负责人.
• Practical Cheminformatics - 包含化学信息学实际应用的深入示例的博客.
• So much to do, so little time - Trying to squeeze sense out of chemical data - 肚皮 Rajarshi Guha，他是 NIH 转化科学推进中心的研究科学家.
• 一些旧博客 1 2.
• Noel O'Blog - 的博客 Noel O'Boyle，他是 NextMove Software 的高级软件工程师.
• chem-bla-ics - 的博客 Egon Willighagen，他是马斯特里赫特大学的助理教授.

• steeveslab-blog - 一些例子使用 RDKit.
• Macs in Chemistry - 为使用 Apple Macintosh 计算机的化学家提供资源.
• DrugDiscovery.NET - 的博客 Andreas Bender，剑桥大学分子信息学讲师.
• Is life worth living? - 化学信息学图书馆的一些例子.
• Cheminformatics 2.0 - 的博客 Alex M. Clark，Collaborative Drug Discovery 的研究科学家.
• Depth-First - 的博客 Richard L. Apodaca，住在加利福尼亚州拉霍亚的化学家.
• Cheminformania - 的博客 Ph.D, Esben Jannik Bjerrum，他是 AstraZeneca 的首席科学家以及机器学习和人工智能专家.

Books¶

• Computational Approaches in Cheminformatics and Bioinformatics - 同时包括来自公共 (NIH)、学术和工业来源的见解.
• Chemoinformatics for Drug Discovery - 有关如何使用化学信息学策略改进药物发现结果的材料.
• Molecular Descriptors for Chemoinformatics - 超过 3300 个描述符和相关术语，用于化合物特性的化学信息学分析.

See Also¶

• deeplearning-biology - deeplearning-biology repo 中的化学信息学和药物发现部分.
• awesome-python-chemistry - 另一个列表侧重于与化学相关的 Python 内容.
• awesome-small-molecule-ml - 用于小分子药物发现的机器学习的论文、数据集和其他资源列表.
• awesome-molecular-docking - 分子对接软件、数据集和其他密切相关资源的精选列表.
• MolSSI Molecular Software Database ＊Pages created by Tobias Kind, PhD

License¶